23/11/2021 - Nel periodo precedente alla pandemia da SARS-CoV-2 l’epidemiologia basata sulle acque reflue, la “Wastewater Based Epidemiology”, era impiegata prevalentemente per la ricerca di virus enterici attraverso numerosi metodi analitici. Oggi lo stesso tipo di sorveglianza viene applicata anche per SARS-CoV-2.
Lo scopo del lavoro, che Sylvie Pignet, neo laureata dell'Università di Torino, Scuola di medicina - Corso di laurea in tecniche di laboratorio biomedico, con il supporto della biologa esperta di ARPA Francesca Borney, ha svolto, è stato quello di descrivere il piano di sorveglianza ambientale del SARS-CoV-2 attraverso l’analisi dei reflui urbani, concentrandosi in particolare sugli aspetti analitici.
In particolare ci ci è soffermati sulla fase di concentrazione del campione per la quale sono stati impiegati due protocolli differenti: la PEG-precipitazione e, in seguito, la PEG-centrifugazione. Per quanto riguarda l’estrazione del virus è stato utilizzato il kit “QIAmp Viral RNA mini” di Qiagen, il kit “NucliSENS” di Biomerieux e il “Viral RNA Extraction Spin Kit” di Bosphore. Infine, per la rilevazione di SARS-CoV-2, è stata impiegata la Real time RT-PCR: è stato utilizzato il kit di Viasure per la ricerca del gene N e del gene ORF1ab e il Kit AgPath-ID™ One-Step per la ricerca di una parte della regione ORF1ab.
Paragonando i due metodi di concentrazione impiegati nello studio, è risultata evidente la miglior performance della PEG-centrifugazione, motivo per cui il primo metodo di concentrazione è stato abbandonato. Inoltre, l’estrazione con il kit Qiagen e la rilevazione con la PCR Viasure sembrano essere le più facilmente applicabili per la ricerca del SARS-CoV-2, oltre ad essere quelle con cui è stata ottenuta una minor variabilità e risultati più soddisfacenti.
Tuttavia, anche la PCR ISS ha dimostrato di ottenere buoni risultati, nonostante risulti, in qualche caso, essere meno sensibile dell’altro metodo.
In conclusione, l’intero processo analitico si è dimostrato estremamente ripetibile e riproducibile, in quanto sono stati ottenuti coefficienti di variazione percentuali bassi per tutti i metodi presi in analisi. Ciò nonostante, per poter definire con certezza il metodo migliore da impiegare è necessario attendere ulteriori studi, che sono momentaneamente in corso, per approfondire la ricerca.
Tesi di laurea - La ricerca di SARS-CoV-2 nei reflui urbani: aspetti analitici (pdf 3.2MB)
Presentazione (pdf 0.5MB)
Campioni di reflui urbani
